Сравнение методов количественного определения гемопоэтического химеризма после трансплантации гемопоэтических стволовых клеток
Аннотация
Количественное определение гемопоэтического химеризма применяется к пациентам, перенесшим аллогенную трансплантацию гемопоэтических стволовых клеток. Исследование химеризма позволяет определить степень приживления либо отторжения трансплантата, а также предсказать возможность рецидива основного заболевания. В настоящее время анализ химеризма широко применяется в клинической практике, однако выбор стандартного метода для рутинных исследований до сих пор остается под вопросом.
В данном исследовании было проведено сравнительное исследование трех методов количественного определения химеризма: мультиплексной полимеразной цепной реакции коротких тандемных повторов (STR-ПЦР) с последующим фрагментным анализом; ПЦР в реальном времени (ПЦР-РВ) и цифровой капельной ПЦР (цкПЦР) с анализом полиморфизмов типа инсерция/делеция. Сравнение методов проведено на искусственных разведениях ДНК. Чувствительность методов STR-ПЦР, ПЦР-РВ и цкПЦР составила 0,5; 0,1 и 0,05 % соответственно. Точность определения была выше для методов STR-ПЦР и цкПЦР в диапазоне значений донорского химеризма до 99 %, а при значениях донорского химеризма более 99 % точнее оказались методы ПЦР-РВ и цкПЦР.
Quantitative determination of hematopoietic chimerism is applied to patients who have undergone allogeneic hematopoietic stem cell transplantation. The chimerism detection is allowed to determine the engraftment or graft rejection, as well as to predict the possibility of relapse of the underlying disease. Currently, chimerism analysis is widely used in clinical practice, but the choice of a standard method for routine research is still questionable.
This study compared three methods for the quantification of chimerism: multiplex polymerase chain reaction of short tandem repeats (STR-PCR) followed by fragment analysis; real-time PCR (qPCR) and digital droplet PCR (ddPCR) with the analysis of insertion/deletion polymorphisms. Comparison of methods was performed on artificial DNA dilutions using three above mentioned methods. The sensitivity of STR-PCR, qPCR, and ddPCR methods was 0.5 %; 0.1 % and 0.05 %, respectively. The accuracy of the determination was higher for STR-PCR and ddPCR in the range of donors’ chimerism values up to 99 %, and for donors’ chimerism values more than 99 %, the qPCR and ddPCR were more accurate.
В данном исследовании было проведено сравнительное исследование трех методов количественного определения химеризма: мультиплексной полимеразной цепной реакции коротких тандемных повторов (STR-ПЦР) с последующим фрагментным анализом; ПЦР в реальном времени (ПЦР-РВ) и цифровой капельной ПЦР (цкПЦР) с анализом полиморфизмов типа инсерция/делеция. Сравнение методов проведено на искусственных разведениях ДНК. Чувствительность методов STR-ПЦР, ПЦР-РВ и цкПЦР составила 0,5; 0,1 и 0,05 % соответственно. Точность определения была выше для методов STR-ПЦР и цкПЦР в диапазоне значений донорского химеризма до 99 %, а при значениях донорского химеризма более 99 % точнее оказались методы ПЦР-РВ и цкПЦР.
Quantitative determination of hematopoietic chimerism is applied to patients who have undergone allogeneic hematopoietic stem cell transplantation. The chimerism detection is allowed to determine the engraftment or graft rejection, as well as to predict the possibility of relapse of the underlying disease. Currently, chimerism analysis is widely used in clinical practice, but the choice of a standard method for routine research is still questionable.
This study compared three methods for the quantification of chimerism: multiplex polymerase chain reaction of short tandem repeats (STR-PCR) followed by fragment analysis; real-time PCR (qPCR) and digital droplet PCR (ddPCR) with the analysis of insertion/deletion polymorphisms. Comparison of methods was performed on artificial DNA dilutions using three above mentioned methods. The sensitivity of STR-PCR, qPCR, and ddPCR methods was 0.5 %; 0.1 % and 0.05 %, respectively. The accuracy of the determination was higher for STR-PCR and ddPCR in the range of donors’ chimerism values up to 99 %, and for donors’ chimerism values more than 99 %, the qPCR and ddPCR were more accurate.