Генетическое разнообразие вируса клещевого энцефалита в окрестностях Междуреченска (Южный Кузбасс).
Аннотация
ВИРУС КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА, ПРИРОДНЫЙ ОЧАГ, СЕКВЕНИРОВАНИЕ, ПОЛИМЕРАЗНАЯ ЦЕПНАЯ РЕАКЦИЯ, КЛАСТЕРОННЫЙ АНАЛИЗ, ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ, ВИРУСНАЯ ПОПУЛЯЦИЯ.
Целью данной работы является изучение природного очага вируса клещевого энцефалита на пригороде Междуреченска (Южный Кузбасс).
Для исследования было собрано 1009 клещей из трёх локаций для в окрестностях города Междуреченск, который находится в Кемеровской области на юге Кузбасса. Затем проводилась экстракция генетического материала из собранных клещей. При помощи ПЦР-РВ была определена не только заражённость клещей вирусом клещевого энцефалита, боррелиями, но также были определены виды клещей и межвидовые гибриды. После секвенирования по Сенгеру фрагментов структурного белка Е, была проведена обработка полученных результатов (филогенетический, кластеронный, статистический анализ).
По результатам исследования природный очаг в окрестностях Междуреченска сформирован двумя видами иксодовых клещей: Ixodes pavlovskyi и Ixodes persulcatus, а также их межвидовыми гибридами. Заражённость иксодид вирусом клещвого энцефалита составила 1,9 %, а боррелиями – 5,7 %. Генетическое разнообразие вируса представлено тремя филогенетическими линиями Сибирского субтипа вируса: Азиатской (кластерон 3А), Южно-Сибирской (кластерон 3А2, 3С2), Восточно-Сибирской. Максимальный возраст вирусной популяции составил – 71 год.
Целью данной работы является изучение природного очага вируса клещевого энцефалита на пригороде Междуреченска (Южный Кузбасс).
Для исследования было собрано 1009 клещей из трёх локаций для в окрестностях города Междуреченск, который находится в Кемеровской области на юге Кузбасса. Затем проводилась экстракция генетического материала из собранных клещей. При помощи ПЦР-РВ была определена не только заражённость клещей вирусом клещевого энцефалита, боррелиями, но также были определены виды клещей и межвидовые гибриды. После секвенирования по Сенгеру фрагментов структурного белка Е, была проведена обработка полученных результатов (филогенетический, кластеронный, статистический анализ).
По результатам исследования природный очаг в окрестностях Междуреченска сформирован двумя видами иксодовых клещей: Ixodes pavlovskyi и Ixodes persulcatus, а также их межвидовыми гибридами. Заражённость иксодид вирусом клещвого энцефалита составила 1,9 %, а боррелиями – 5,7 %. Генетическое разнообразие вируса представлено тремя филогенетическими линиями Сибирского субтипа вируса: Азиатской (кластерон 3А), Южно-Сибирской (кластерон 3А2, 3С2), Восточно-Сибирской. Максимальный возраст вирусной популяции составил – 71 год.