Спектр мутаций в ДНК Mycobacterium tuberculosis, ассоциированных с устойчивостью к противотуберкулезным препаратам, в Свердловской области
Аннотация
Целью работы был анализ спектра мутаций, ассоциированных с устойчивостью MTB к ПТП, на территории Свердловской области.
Выделение ДНК и ПЦР в реальном времени производили наборами «Амплитуб-РВ» (Синтол, Россия). Поиск мутаций ЛУ и определение генотипа выполняли методом гибридизации на микрочипах – «ТБ-ТЕСТ» (БИОЧИП-ИМБ, Россия). Фенотипическое ТЛЧ производили методом абсолютных концентраций на плотных питательных средах, а также в автоматизированной системе BACTEC MGIT 960 (Becton Dickinson, USA). Поиск мутаций к рифампицину, не детектируемых системой ТБ-ТЕСТ, производили методом секвенирования по Сэнгеру фрагмента гена rpoB.
По результатам исследования выявлен спектр мутаций к пяти ПТП для 589 изолятов MTB из Свердловской области. Впервые построены мутационные паттерны MTB, выделены преобладающие в Свердловской области варианты. Обнаружено два варианта мутаций, ассоциированных с ЛУ к рифампицину, не детектируемые отечественными тест-системами.
Результаты данной работы могут быть полезны при дополнении существующих международных баз данных о распространении МЛУ ТБ, а также при разработке следующих поколений систем диагностики ЛУ ТБ. Представленная в работе информация о генотипической принадлежности изолятов может быть использована в эпидемиологических исследованиях распространения генетических линий MTB.
Выделение ДНК и ПЦР в реальном времени производили наборами «Амплитуб-РВ» (Синтол, Россия). Поиск мутаций ЛУ и определение генотипа выполняли методом гибридизации на микрочипах – «ТБ-ТЕСТ» (БИОЧИП-ИМБ, Россия). Фенотипическое ТЛЧ производили методом абсолютных концентраций на плотных питательных средах, а также в автоматизированной системе BACTEC MGIT 960 (Becton Dickinson, USA). Поиск мутаций к рифампицину, не детектируемых системой ТБ-ТЕСТ, производили методом секвенирования по Сэнгеру фрагмента гена rpoB.
По результатам исследования выявлен спектр мутаций к пяти ПТП для 589 изолятов MTB из Свердловской области. Впервые построены мутационные паттерны MTB, выделены преобладающие в Свердловской области варианты. Обнаружено два варианта мутаций, ассоциированных с ЛУ к рифампицину, не детектируемые отечественными тест-системами.
Результаты данной работы могут быть полезны при дополнении существующих международных баз данных о распространении МЛУ ТБ, а также при разработке следующих поколений систем диагностики ЛУ ТБ. Представленная в работе информация о генотипической принадлежности изолятов может быть использована в эпидемиологических исследованиях распространения генетических линий MTB.