Мультилокусное сиквенс-типирование Anaplasma phagocytophilum на территории азиатской части России
Аннотация
Работа посвящена мультилокусному сиквенс-типированию Anaplasma phagocytophilum и состоит из введения, трёх глав, выводов и заключения. Полный объем работы составляет 50 печатных страниц. Работа содержит 17 рисунков и 10 таблиц. Для написания магистерской диссертации было использовано 77 литературных источников, в том числе 70 иностранных.
При выполнении работы был задействован ряд таких современных методов, как ПЦР в режиме реального времени, секвенирование и филогенетический анализ. Исследо-вание было выполнено с помощью современного оборудования: роботизированная стан-ция для выделения ДНК, амплификатор для проведения ПЦР-РВ и ДНК анализатор.
В работе впервые для России были получены последовательности сиквенс-типов A. phagocytophilum; ни один из 10 ST не совпал с последовательностями в базе данных. Также приведены данные по встречаемости A. phagocytophilum в клещах рода Ixodes из азиатской части России: в клещах I. pavlovskyi встречаемость A. phagocytophilum досто-верно выше. В исследовании отмечено наличие двух вариантов 16S рРНК (2 и 10) на тер-ритории России.
Была проведена разработка праймеров и оптимизация условий ПЦР для повышения эффективности проведения MLST.
Последовательности ST A. phagocytophilum из России вошли в два кластера – 1 и 3, которые соответствуют 10 и 2 варианту 16S рРНК. В данной работе было показано, что изучение генетического разнообразия A. phagocytophilum на основе такого часто применя-емого маркера, как 16S рРНК, уступает методике MLST.
В дальнейших исследованиях при увеличении выборки возможно выделение гео-графически обособленных групп на территории России.
При выполнении работы был задействован ряд таких современных методов, как ПЦР в режиме реального времени, секвенирование и филогенетический анализ. Исследо-вание было выполнено с помощью современного оборудования: роботизированная стан-ция для выделения ДНК, амплификатор для проведения ПЦР-РВ и ДНК анализатор.
В работе впервые для России были получены последовательности сиквенс-типов A. phagocytophilum; ни один из 10 ST не совпал с последовательностями в базе данных. Также приведены данные по встречаемости A. phagocytophilum в клещах рода Ixodes из азиатской части России: в клещах I. pavlovskyi встречаемость A. phagocytophilum досто-верно выше. В исследовании отмечено наличие двух вариантов 16S рРНК (2 и 10) на тер-ритории России.
Была проведена разработка праймеров и оптимизация условий ПЦР для повышения эффективности проведения MLST.
Последовательности ST A. phagocytophilum из России вошли в два кластера – 1 и 3, которые соответствуют 10 и 2 варианту 16S рРНК. В данной работе было показано, что изучение генетического разнообразия A. phagocytophilum на основе такого часто применя-емого маркера, как 16S рРНК, уступает методике MLST.
В дальнейших исследованиях при увеличении выборки возможно выделение гео-графически обособленных групп на территории России.