Структура изменчивости хлоропластной ДНК сидячецветных дубов на полуострове Крым
Аннотация
Данная работа посвящена изучению изменчивости хлоропластной ДНК сидя-чецветных дубов в Крыму.
Цель исследования заключалась в описании изменчивости хлоропластной ДНК сидячецветных дубов на полуострове Крым и дальнейшем выявлении филогенетических связей между географически родственными регионами. Для этого нами были исследованы популяции двух видов дубов: дуб скальный (Quercus petraea (Matt.) Liebl.) и дуб пуши-стый (Q. Pubescens Willd.), после чего был проведен сравнительный анализ с популяциями видов дуба на Кавказе и Турции, и с изменчивостью дуба черешчатого (Q. robur L.) в Крыму. Были поставлены следующие задачи: выделить геномную ДНК и определить гап-лотипы образцов, собранных в Крыму, провести сравнение географического распределе-ния гаплотипов с ранее полученными данными разных исследований. Проанализировано 410 особей из 24 популяций, где сочетались выборки двух видов дубов.
Сочетались методы электрофоретического разделения ПЦР-продуктов микросател-литных локусов в ПААГ геле, RFLP анализ и секвенирование более длинных фрагментов. Для поиска изменчивости и генотипирования использовались пять микросателлитных ло-куса (cpSSR): μdt1, μdt3, μdt4, μcd4, μcd5. Параллельно была исследована изменчивость пяти фрагментов хпДНК (ASq, CDq, TFq, trnH-psbA и trnK-matK) и получены нуклеотид-ные последовательности для 26 образцов из разных популяций. Для определения филоге-нетических соотношений гаплотипов, их происхождения и родственных связей, была по-строены сеть гаплотипов в программе NETWORK, с привлечением данных других иссле-дований. При построении филогенетических деревьев применялись байесовский подход и метод максимальной экономии. Для анализа величины и структуры генетической измен-чивости (с помощью AMOVA) был использован пакет WinArl.
Цель исследования заключалась в описании изменчивости хлоропластной ДНК сидячецветных дубов на полуострове Крым и дальнейшем выявлении филогенетических связей между географически родственными регионами. Для этого нами были исследованы популяции двух видов дубов: дуб скальный (Quercus petraea (Matt.) Liebl.) и дуб пуши-стый (Q. Pubescens Willd.), после чего был проведен сравнительный анализ с популяциями видов дуба на Кавказе и Турции, и с изменчивостью дуба черешчатого (Q. robur L.) в Крыму. Были поставлены следующие задачи: выделить геномную ДНК и определить гап-лотипы образцов, собранных в Крыму, провести сравнение географического распределе-ния гаплотипов с ранее полученными данными разных исследований. Проанализировано 410 особей из 24 популяций, где сочетались выборки двух видов дубов.
Сочетались методы электрофоретического разделения ПЦР-продуктов микросател-литных локусов в ПААГ геле, RFLP анализ и секвенирование более длинных фрагментов. Для поиска изменчивости и генотипирования использовались пять микросателлитных ло-куса (cpSSR): μdt1, μdt3, μdt4, μcd4, μcd5. Параллельно была исследована изменчивость пяти фрагментов хпДНК (ASq, CDq, TFq, trnH-psbA и trnK-matK) и получены нуклеотид-ные последовательности для 26 образцов из разных популяций. Для определения филоге-нетических соотношений гаплотипов, их происхождения и родственных связей, была по-строены сеть гаплотипов в программе NETWORK, с привлечением данных других иссле-дований. При построении филогенетических деревьев применялись байесовский подход и метод максимальной экономии. Для анализа величины и структуры генетической измен-чивости (с помощью AMOVA) был использован пакет WinArl.