Генетическая изменчивость популяции вируса Омской геморрагической лихорадки на основе полногеномных последовательностей.
Аннотация
Омская геморрагическая лихорадка вызывается вирусом омской геморрагической лихорадки, относящимся к семейству Flaviviridae (род Flavivirus). Вирусы этого семейства передаются через кровососущих членистоногих (комары или клещи) к позвоночным млекопитающим, вызывая болезни у людей и животных. OHFV распространен на территории Западной Сибири, в трех областях: Омской, Тюменской, Курганской и Новосибирской. Переносчиком вируса омской геморрагической лихорадки и его амплифицирующим хозяином является ондатра.
Основной проблемой в изучении генетической изменчивости OHFV являлось недостаточное количество полногеномных последовательностей вируса. На сегодняшний день таких последовательностей всего четыре. В данной работе мы определили нуклеотидную последовательность генома шестнадцати штаммов OHFV.
Нами показано, что генетическая структура вируса омской геморрагической лихорадки включает в себя три субтипа. Определены как межгрупповые генетические дистанции, так и внутригрупповые. Внутри субтипов наблюдалась выраженная генетическая однородность.
В работе полногеномные последовательности для третьего субтипа получены впервые, поэтому мы предлагаем назначить в качестве прототипных штаммов для третьего субтипа штаммы B-1/10186 и OZ-96/11293.
При проведении анализа аминокислотных последовательностей полипротеина у изученных штаммов, были обнаружены четыре уникальные аминокислотные замены специфичные для каждого субтипа OHFV.
В работе показано, что в природе геном вируса несколько больше за счет отсутствия делеций 3' не кодируемой области генома.
Также в работе решена проблема аутентичности прототипного штамма Bogoluvovska. Показано, что прототипный штамм Bogoluvovska является штаммом Kubrin, это могло произойти вследствие контаминации или лабораторной ошибки.
По материалам работы подготовлена статья для публикации в зарубежном научном издании.
Работа включает в себя введение; основную часть, состоящую из обзора литературы, описания материалов и методов, результатов и их обсуждения; выводы; список литературы и приложения. Материал работы изложен на 50 страницах. Работа включает 12 таблиц и 8 рисунков. Список литературы состоит из 37 источников, из которых 27 иностранных и 10 отечественных.
Основной проблемой в изучении генетической изменчивости OHFV являлось недостаточное количество полногеномных последовательностей вируса. На сегодняшний день таких последовательностей всего четыре. В данной работе мы определили нуклеотидную последовательность генома шестнадцати штаммов OHFV.
Нами показано, что генетическая структура вируса омской геморрагической лихорадки включает в себя три субтипа. Определены как межгрупповые генетические дистанции, так и внутригрупповые. Внутри субтипов наблюдалась выраженная генетическая однородность.
В работе полногеномные последовательности для третьего субтипа получены впервые, поэтому мы предлагаем назначить в качестве прототипных штаммов для третьего субтипа штаммы B-1/10186 и OZ-96/11293.
При проведении анализа аминокислотных последовательностей полипротеина у изученных штаммов, были обнаружены четыре уникальные аминокислотные замены специфичные для каждого субтипа OHFV.
В работе показано, что в природе геном вируса несколько больше за счет отсутствия делеций 3' не кодируемой области генома.
Также в работе решена проблема аутентичности прототипного штамма Bogoluvovska. Показано, что прототипный штамм Bogoluvovska является штаммом Kubrin, это могло произойти вследствие контаминации или лабораторной ошибки.
По материалам работы подготовлена статья для публикации в зарубежном научном издании.
Работа включает в себя введение; основную часть, состоящую из обзора литературы, описания материалов и методов, результатов и их обсуждения; выводы; список литературы и приложения. Материал работы изложен на 50 страницах. Работа включает 12 таблиц и 8 рисунков. Список литературы состоит из 37 источников, из которых 27 иностранных и 10 отечественных.