Разработка программного модуля кластеризации результатов докинга
Аннотация
Пояснительная записка – 47.
МОЛЕКУЛЯРНЫЙ ДОКИНГ, КОНФОРМАЦИЯ, КЛАСТЕРИЗАЦИЯ, РЕАЛИЗАЦИЯ АЛГОРИТМОВ K-MEANS ИK-MEANS++,AUTODOCKVINA
Рассматривается задача кластеризации конформаций лиганда, полученных в результате работы программ молекулярного докинга. Для кластеризации используются два метода: k-means и k-means++. Исследуется задача о выборе оптимального числа кластеров на основе индекса силуэта.
Цель работы – разработка программного модуля кластеризации результатов докинга.
На языке C++ разработан программный модуль кластеризации результатов молекулярного докинга. В качестве источника конформаций лиганда выступает файл формата .pdbqt, являющийся результатом работы программы молекулярного докинга AutodockVina. Программный модуль кластеризует конформации и записывает отчет по кластеризации в выходной текстовый файл. Работа программного модуля демонстрируется на обработке результатов молекулярного докинга липоевой кислоты(LA)и 2-аминопропилморфолино-5-фенил-1,3,4-6H-тиадиазин, дигидробромид (L14)к поверхности бычьего сывороточного альбумина.
Разработанный программный модуль может быть использован для учебных и исследовательских работ по молекулярному моделированию
МОЛЕКУЛЯРНЫЙ ДОКИНГ, КОНФОРМАЦИЯ, КЛАСТЕРИЗАЦИЯ, РЕАЛИЗАЦИЯ АЛГОРИТМОВ K-MEANS ИK-MEANS++,AUTODOCKVINA
Рассматривается задача кластеризации конформаций лиганда, полученных в результате работы программ молекулярного докинга. Для кластеризации используются два метода: k-means и k-means++. Исследуется задача о выборе оптимального числа кластеров на основе индекса силуэта.
Цель работы – разработка программного модуля кластеризации результатов докинга.
На языке C++ разработан программный модуль кластеризации результатов молекулярного докинга. В качестве источника конформаций лиганда выступает файл формата .pdbqt, являющийся результатом работы программы молекулярного докинга AutodockVina. Программный модуль кластеризует конформации и записывает отчет по кластеризации в выходной текстовый файл. Работа программного модуля демонстрируется на обработке результатов молекулярного докинга липоевой кислоты(LA)и 2-аминопропилморфолино-5-фенил-1,3,4-6H-тиадиазин, дигидробромид (L14)к поверхности бычьего сывороточного альбумина.
Разработанный программный модуль может быть использован для учебных и исследовательских работ по молекулярному моделированию